医院经营体制包含三个层面的内涵：
一是医院的经营自主权及内部经营管理层次划分和经营权的分配；
二是经营管理手段方法的选择；
三是医院内部各科室、部门之间行政性的和经济性的相互关系。
（1）经营权：医院有无经营自主权及自主权大小，是决定医院经营体制的根本因素。因此，建立医院经营体制首先取决于医院的上级主管部门授予医院经营自主权的大小；其次取决于医院领导授予科室、部门经营自主权的多少。
（2）经济核算组织层次及经营管理责任中心的划分：医院经营管理，可以是一级经营体制，也可以是院科两级经营体制，即两级核算制。同时，还应该明确各科室、部门谁是"成本—效益责任中心"，谁是"投资责任中心"，谁是"经营服务中心"等。所谓"成本—效益责任中心"，是指那些对提高综合效益和降低成本负责的科室和部门；所谓"投资责任中心"，是指对批量投资项目负责的科室和部门；所谓"经营服务中心"，是指经营管理职能部门和院内"信用服务部门"。
（3）经济管理手段：如果医院经营管理只采用单一的行政手段，而不能充分运用经济手段和法制手段，上下之间和各科室、部门之间不能形成经济上的相互交换、相互制约关系，而且没有法制、法规、规则的保障，那就不可能建立起成熟的经营管理体制。