原生动物门有4个重要纲。即：鞭毛纲，肉足纲，孢子纲和纤毛纲。划分的主要依据分别是：
鞭毛纲：以鞭毛为运动器。营养方式3种。有光合、吞噬和渗透；无性繁殖一般为纵二分裂。
肉足纲：以伪足为运动器。繁殖为二分裂。
孢子纲：全部寄生，大多数有顶复合器，有无性世代和有性世代的交替。无性生殖是裂体生殖（复分裂），有性生殖是配子生殖，其后是无性的孢子生殖。
纤毛纲：以纤毛为运动器。无性繁殖为横二分裂。有性生殖是接合生殖。