硅藻的繁殖有营养繁殖、复大孢子、小孢子和休眠体等几种方式。
1、营养生殖硅藻最为普遍的一种生殖方式。原生质略增大，继而核分裂，色素体等原生质体一分为二，细胞上下壳分开，形成两个新细胞。
2、复大孢子藻类多次分裂之后个体逐渐变小，到一定程度小细胞不再分裂，形成一种孢子，以恢复原来的大小。其形成方式分为有性和无性两种。
3、小孢子多见于中心藻类的一种繁殖方式。细胞核和原生质多次分裂形成大小不等的孢子，每个包子上都具有鞭毛，长成后群逸出，然后相互结合为合子进而萌发成新个体。
4、休眠孢子细胞分裂后原生质收缩到中央产生厚壁，在上下壳形成突起和棘刺，当环境有利时恢复原形态。