棉花苗期害虫主要有地老虎、金针虫、棉蚜等，病害主要有立枯病、炭疽病、红腐病等。防治地下害虫：防治地下害虫
（1）物理防治。用黑光灯、糖醋液诱杀成虫。
（2）化学防治。可用2.5%敌百虫粉剂每667m22.5~3kg防治3龄幼虫。防治3龄后幼虫，采用棉籽饼（麦麸、豆饼）拌毒饵，即每667m2用90%敌百虫晶体100g，加水1kg喷洒在炒香的10kg饼粉上，制成毒饵，于傍晚在受害作物田间撒施，或每2m2撒一堆诱杀幼虫。
防治棉蚜：防治棉蚜
（1）农业防治。因地制宜地采用多种作物条带种植，如麦棉套种等，充分发挥天敌对棉蚜的自然控制作用。
（2）化学防治。播种时用内吸杀虫剂处理种子；棉蚜发生期，每667m2用吡虫啉可湿性粉剂50~70克，对水50kg及时防治。
防治苗期病害：防治苗期病害
（1）种子处理。按有效成分计可用种子重量0.05%~0.08%的粉锈宁可湿性粉剂、种子重量0.5%~1.0％的多菌灵可湿性粉剂拌种。
（2）喷药防治。在齐苗后，每667m2用50%多菌灵可湿性粉剂或50%甲基托布津可湿性粉剂50~75g对水50~75kg喷雾，或65%代森锌500~800倍液喷雾，每10天一次。