PRA开始阶段（起点）
一般有三个起点：一、从可能为检疫性有害生物的有害生物本身开始分析；二、从检疫性有害生物可能随其传入和扩散的传播途径开始分析，通常指进口某种商品；三、因建议政策的修订而重新开始做风险分析。
当进口一种商品或引进新的植物种、修改植物检疫法规或发现新的有害生物的定殖爆发和经常截获某一有害生物等，均促使PRA过程开始或启动。然后列出潜在检疫性有害生物，划定PRA地区，进入第二阶段。
有害生物风险评估阶段
对在第一阶段确定的需进行进一步评估的有害生物或有害生物清单逐个考虑并审核，看是否符合限定的检疫性有害生物的定义。
在这一阶段，要求指出哪些信息与有害生物有关，它的潜在寄主植物是哪些，以及利用这些信息来评估有害生物的所有影响，建议可能被执行的经济分析等级。应始终参考专家的判断，当有足够证据并已广泛认为某种有害生物的传入将引起不可接受的经济后果时，应着重于传入和扩展的可能性；当俺就经济影响水平或以经济影响水平来评价风险管理措施的强度或者在评估消除或控制有害生物的得失时，应详细研究所有经济因子。
有害生物风险管理阶段
主要包括可接受风险水平的确定，及其与之相一致或相适应的管理措施方案的设计和评估，并逐步发展到应用系统方法。结果是选择一种或多种措施来降低相关的有害生物风险到可接受水平。