检疫性有害生物与常规病虫的主要区别有：
①发生范围不同。检疫性有害生物一般发生在局部地区，而常规病虫发生分布比较普遍。
②强制性不同。检疫性有害生物是指国家有关法律、法规的以及双边或多边植物检疫协定规定的危险性特别大、在我国没有发生或发生但局部分布的一些病、虫、草，必须按照国家检疫机构的要求进行防治；而常规的病虫则是指普遍发生的、为害或可能为害植物及其产品的有害生物，且未列入国家植物检疫性有害生物名录的所有有害生物，由国家植保机构指导相关单位或个人开展防治。
③防治目标不同。对检疫性有害生物，主要以法律法规为依据，采取封锁、控制、消灭措施，防治措施的强度更大，重点是阻止其传播扩散；对常规病虫，主要开展农业防治、物理防治、生物防治和化学防治等相结合的综合治理，一般只要求通过防治将常规病虫的为害程度控制在经济允许的阈值或防治指标以下即可，重点控制其危害。