菌丝体具有四项功能：
1、降解吸收营养物，生长在培养基质中的基内菌丝具有对培养基物的降解和吸收作用；
2、对降解吸收后营养物质的输送作用；
3、对营养物质的贮藏作用；
4、进行有性繁殖的作用。菌丝按细胞核数目分为单核菌丝和双核菌丝。菌丝都是多细胞的，细胞壁管状，薄而透明。初生菌丝（单核菌丝）纤细，每个细胞有一个细胞核，不能形成子实体。次生菌丝（双核菌丝）粗壮，每个细胞有两个细胞核，能形成子实体，有锁状联合结构。
菌丝组织可以划分为：
1、拟薄壁组织：菌丝结合较紧密，细胞为多角形或圆形，与高等植物的薄壁组织相似。如子囊菌的子实体和伞菌的菌盖、菌褶等。
2、疏丝组织：菌丝结合较松，由长形细胞组成，内含肝糖。这种组织常见于菌柄及菌盖中。