杀菌剂对菌类毒性的表现是多方面的，通常影响菌丝生长，孢子生长，各种子实体和附着胞的形成，影响细胞膨胀，使得细胞原生质和线粒体的裂解和细胞膜的破坏，有的影响菌的生物合成，有的影响菌的生物氧化。杀菌剂对菌的作用方式分为抑菌作用和杀菌作用。杀菌作用主要指含有一些重金属元素的杀菌剂破坏菌体的细胞结构，使菌体蛋白质凝固，影响菌体生物氧化，抑制孢子萌发。抑菌作用是指在植物病害防治中使用杀菌剂，使菌类生命活动某一过程受到抑制，便其不能正常进行代谢，使其孢子不能萌发，由于菌体在受抑制的时间里会逐渐成熟老化，失去萌发力，对植物的影响不大。