铁污染是钠型树脂最常见的污染。铁可以通过不同途径进入离子交换器，一是水源水或再生剂含铁量过高（＞0.3mg∕L）；再是钢制进水管道或钢制离子交换器及水处理设备防腐不良或根本没有防腐处理而引起的。
铁对强碱树脂也会产生污染，而且比阳离子交换树脂要严重。
铁污染的形式一般有有两种情况，最常见的是以胶态或是悬浮铁化物形式进入交换器，由于树脂的吸附作用，在其表面形成一层铁化物的覆盖层，而阻止水中的离子与树脂进行有效的接触；另一种是以亚铁离子（Fe²⁺）进入交换器与树脂进行交换反应，使Fe²⁺占据在交换位置上，因为Fe²⁺容易被氧化成高价铁的化合物，沉积在树脂内部，堵塞了树脂的交换孔道，而且附着时间愈长，就愈难于去除。