解答本题的关键是明确题目所要求的"从根本上"。A项是"府院之争"的性质；B项本身就是错误的，因为它与"府院之争"的激化没有多大的关系；C项是"府院之争"的焦点，是其激化的具体表现，是"府院之争"的内容，它是表面现象，并非实质的东西。D项体现的才是实质。府院之争指民国五至六年（1916年至1917年）总统府与国务院之间的权力斗争，是以黎元洪为首的总统府集团与以段祺瑞为首的国务院集团之间争权夺利的斗争，实质上反映了美、日两国在争夺中国权益上的矛盾和中国统治集团内部争夺势力的矛盾。故选D项。