基本原理是利用作物品种群体的自然变异和纯系学说。
（1）作物品种自然变异现象和纯系学说：在自花授粉作物原始品种群体中，通过单株选择繁殖，可以分离出若干个不同的纯系，表明原始品种为各个纯系的混合群体，通过选择可以分离出这些纯系，这样的选择是有效的。从同一纯系内继续选择是无效的，因为同一纯系的不同个体的基因型是相同的，它们之间的差异由环境因素所引起的，是不能稳定遗传的。它把变异分为可遗传的变异和不可遗传的变异（即环境的变异）。
（2）作物品种自然变异的原因：自然异交引起的基因重组；自然变异；新育成品种群体中的变异。