集体合同争议包括因签订集体合同发生的争议和因履行集体合同发生的争议。因此处理集体合同发生的争议也有不同。
因签订集体合同发生争议的处理。因签订集体合同发生争议，双方当事人不能自行协商解决的，当事人一方或双方可向劳动行政部门的劳动争议协调处理机构提出协调处理申请；未提出申请的，劳动行政部门认为必要时可视情况进行协调处理。县级以上劳动行政部门的劳动争议协调处理机构是受理和协调处理签订集体合同争议的日常工作机构。劳动行政部门协调处理因签订集体合同发生的争议时，应组织同级工会代表、用人单位方面的代表以及其他有关方面的代表共同进行。双方当事人应各选代表3至10名，并指定1名首席代表参加。劳动行政部门自决定受理因签订集体合同发生争议的事项之日起30日内处理完毕。争议复杂或遇影响处理的其他客观原因需要延期时，延期最长不得超过15日。协调处理因签订集体合同发生的争议结束后，由劳动行政部门制作《协调处理协议书》，双方当事人首席代表和协调处理负责人共同签字盖章。《协调处理协议书》下达后，双方应当执行。
（2）因履行集体合同发生争议的处理。因履行集体合同发生争议的处理见"劳动争议"一章。