数学：“割圆术”的日益精确，祖冲之第一次将圆周率精确到小数点后第七位，对数学发展做出了杰出贡献。
天文历法：东晋虞喜发现“岁差”及其应用。祖冲之第一次把岁差应用于历法，创立了《大明历》，推测一年的天数与现代科学测定的相差不到50秒，使历法更加精密。
医药学：这一时期的重要成就是脉学的发展、针灸学的完善和药物知识的丰富。王叔和的著作《脉经》奠定了我国古代脉学理论的基础，是古代诊断学的重大发展。西晋的皇甫谧写出《甲乙经》12卷，是我国第一部针灸学专著。药物学的重大成果是陶弘景撰写的《本草经集注》，成为我国古代药物的标准分类法。
农学：北魏贾思勰《齐民要术》系统总结了北方各族人民的农业生产经验，是我国至今保存最早、最完整的一部古代农业科学著作。
机械制造：三国曹魏的马钧改制了翻车，提高灌溉效率，改造了纺织工具，并在机械中运用齿轮系统装置，还发明了以机械作动力的“千里船”。
地理学：北魏郦道元著《水经注》，具有很高的地理、历史和文学价值。西晋裴秀的《禹贡地域图》把地图绘制技术提高了一大步。