虚拟组织是一种小型核心组织，主要的企业职能通过外包而来。无边界组织寻求的是削减命令链，拥有无限的控制跨度，取消各种职能部门，取而代之的是授权的工作团队。虚拟组织可以看成是无边界组织的一种形式。
两者的具体差异为：
（1）虚拟组织的主要企业职能外包，管理者的大量时间用于协调和控制外部关系，通常通过电脑网络进行联系；无边界组织是在一个功能正常组织中实现的授权的工作团队，使组织层次更为扁平化的组织。
（2）虚拟组织是员工可以不顾时间、距离以及组织边界，利用计算机网络一起工作，迅速便利的共享知识，信息网络是虚拟组织的支柱，虽然规模小，但是可以发挥主要商业职能的核心组织。这种形式的组织决策集中化程度很低或者是根本不存在，具有很大的灵活性，能从组织外部寻找组织所需要的各种资源，执行开发、生产、销售等环节，把主要精力集中在自己最擅长的专业业务上，管理人员可以通过计算机网络来控制和协调外部的各种关系。
无边界组织是减少命令链，对控制的跨度不加限制，取消了各种职能部门，代之以授权的团队（多功能团队）。在这种组织中，成员的等级秩序降到了最低点，可以围绕组织的工作流程来组织活动，还有利于打破组织和客户间的外在界限和地理障碍。