产生融合酶的方法有两种：一种是通过随机重组的方法，即把来自不同酶的基因片段进行随机组合，从这些随机组合中筛选出具有明显优良特性的酶杂合体。另一种方法是在对要进行融合的酶的结构与催化功能有比较全面的了解的时候，对酶的融合提出合理的设计方案，进行有一定目标的融合。
（1）二级结构融合
通过对酶的某些特定功能的二级结构（如底物识别位点螺旋结构）进行替换可以明显改变酶的某些特性。
（2）功能域的融合
功能域融合成功的例子比较多。如将一个限制酶的催化中心与一个特异DNA结合结构域融合在一起可构建具有新的特异性的限制性酶。
（3）整个蛋白的融合
现在能够大量表达的各种带专一性标签的融合蛋白，如MBP融合蛋白，GST融合蛋白，GFP融合蛋白。