太平天国失败的根本原因，是缺乏先进阶级的领导。农民阶级不是新的生产力和生产关系的代表，带有小生产者所固有的阶级局限性，既不能提出完整、正确的政治纲领和社会改革方案，也无法长期保持领导集团的团结，无法制止统治集团内部腐化现象的滋生。
太平天国的失败还在于没有科学理论的指导。太平天国是以拜上帝教来发动、组织群众的，但是，拜上帝教教义不是科学的思想理论，不仅不能正确指导斗争，而且也无法维持内部长久的团结，给农民战争带来危害。正是由于没有科学理论的指导，太平天国也不能正确对待传统文化。
此外，太平天国领导人笼统地把信奉上帝的西方人都视为“洋兄弟”，说明他们对外国资本主义列强侵华野心的警惕性非常不够，缺乏理性的认识。
太平天国起义的发生和失败表明，在半殖民地半封建社会，农民具有伟大的革命力量，但它不能担负起领导反帝反封建斗争取得胜利的重任。