大学院和大学区的设置，旨在改变以往教育行政官僚化，克服教育行政流为文簿案牍形式的缺陷，并加强学术研究与教育行政的联系。
实施大学院和大学区制的主要措施：以大学院为全国最高学术和教育机关，与此同时，把全国分为若干大学区，每区设国立大学一所，大学校长兼管区内教育行政及学术事业。每区设评议会为审议机关，设研究院为学术机关，设高等教育处、普通教育处、扩充教育处，分掌各类教育行政。大学院制实施一年之后便不得不废止又恢复了教育部，究其原因在于：行政管理与教育研究的运作毕竟有较大的区别，本想使行政机关学术化，反而使学术衙门化，结果与初衷相反。另外，这个体制是以中心大学为核心，容易忽视其他学校及其类别教育的利益和需求，造成诸多矛盾。