公共部门绩效管理面临的困难主要有：第一，公共部门的垄断性。垄断带来组织效率测定的困难和确定评价标准的困难。垄断也使公共部门缺乏改进绩效的动力。
第二，公共部门具有目标多元性和目标弹性。而组织目标是绩效评估的主要依据，多元化目标必然带来绩效评估的困难。
第三，公共部门产出的特殊性。多数公共部门的产品是服务，服务具有无形性、不可储藏性；公共产品具有中间性质；公共部门的产出和产出的最终社会效果之间有时间上的滞后性，这些加剧了绩效管理的困难。
第四，公共部门生产过程的难确定性。公共部门具有劳动密集型特征，使得公共管理标准化的推行很难；生产技术的不确定性和公共管理环境的复杂多变要求公共管理有相当的灵活性，使得标准化很难实现。
第五，公共部门内部管理机制的重规则性和过程性，造成工作人员按命令行事，既不对组织的成功承担义务，也没有追求经济、效率、效益的动机和条件。
第六，绩效评估标准的限制。大多数公共服务很难用客观、具体的数据来衡量，尤其是涉及公平和责任问题的时候更是如此。第七，公众监督的困难。
解决策略：第一，强化公共部门的绩效意识，促使组织成员参与绩效改进。
第二，转变观念，建立民本主义的绩效理念。
第三，促进绩效管理的制度化、法制化。
第四，制定灵活多样的绩效目标和绩效规划。
第五，建立多重绩效评估体制。
第六，建立全新的激励机制。
第七，重视管理者的作用。