有以下区别：
⑴管理对象不同。
工程项目管理的对象是一个具体的工程项目——一次性活动；而建筑企业管理的对象是建筑企业。
⑵管理目标不同。
工程项目管理是以具体项目的目标为管理目标，项目的目标是临时的、短期的；而建筑企业的目标是以持续稳定的利润为目标，建筑企业的目标是长远的、稳定的。
⑶运行规律不同。
工程项目管理是一项一次性多变的活动，其管理的规律性是以工程项目发展周期和项目内在规律为基础的；而建筑企业管理是一种稳定持续活动，其管理的规律性是以现代企业制度和建筑企业经济活动内在规律为基础的。
⑷管理内容不同。
工程项目管理活动局限于一个具体项目设想、策划实施、总结后评价的全过程；建筑企业管理则是一种职能管理和作用管理的综合，本质上是一种实体型管理。
⑸实施主体不同。
工程项目管理实施的主体是多方面的，包括业主、业主委托的公司的承包商等；而建筑企业管理实施的主体是建筑企业自身。