影响蛋白质消化吸收沉积的因素包括动物的种类和年龄，饲料组成及抗营养因子，饲料加工贮存中的热损害等。
1）动物因素：A动物种类对同一种饲料蛋白质的消化吸收沉积，不同的动物之间存在一定的差异，这是由于动物各自消化生理特点的不同所致。B年龄随着动物年龄的增加，其消化道功能不断完善，对石如蛋白的消化率也得到相应提高。
2）饲粮因素：A纤维水平纤维物质对饲粮蛋白质的消化、吸收都有阻碍作用，随着纤维水平的增加，蛋白质在消化道中的排空速度也增加，这无疑降低了其被酶作用的时间及被肠道吸收的几率。B蛋白酶抑制因子一些饲料中含有多种蛋白酶抑制因子，其中主要是胰蛋白酶抑制因子，能降低胰蛋白酶的活性，从而降低蛋白质的消化率。
3）热损害：对大豆等饲料进行适当的热处理，能消除其中的抗营养因子，也能使蛋白质初步变性，有利于消化吸收。但温度过高或时间过长，则有损蛋白质的营养价值。
4）日粮蛋白质种类与水平（底物诱导效应）。
5）日粮矿物元素水平（酶激活剂）。