（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）PAM矩阵是基于近相关蛋白家族数据的，并且假设高度相关蛋白的取代概率可以外推到远相关蛋白的概率。BLOSUM矩阵是基于实际观测到的远相关蛋白比对。
（3）高值BLOSUM矩阵和低值PAM矩阵最适合于研究高度保守的蛋白；低值BLOSUM矩阵和高值PAM矩阵最适合检测远相关蛋白。
（4）一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好。对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵。PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域。