药物中的杂质主要有两个来源：
一是由生产过程引入；
二是在储藏过程中受外界条件的影响，引起药物理化特性发生变化所产生。在合成药物的生产过程中，可因原料不纯或未反应完全、反应的中间体与反应副产物在精制时未能完全除去而引入杂质；在药物生产过程中，所用的试剂、溶剂、还原剂等可能会残留在产品中而成为杂质；在储藏期间因温度、湿度、日光、空气等环境因素的影响，或因微生物的作用，引起药物发生水解、氧化、分解、异构化、晶型转变、聚合、霉变等变化所产生的有关杂质。
药物中的杂质按来源可分为"一般杂质"和"特殊杂质"。一般杂质是指在自然界中分布广泛，在多数药物的生产和储藏过程中容易引入的一般性杂质，如氯化物、硫酸盐、重金属等；特殊杂质是指特定的药物根据其生产工艺和特有的理化性质，在生产和储藏过程中引入的特殊性杂质，如乙酰水杨酸在生产和储存过程中引入的水杨酸等。按药物中所含杂质的结构又可分为有机杂质和无机杂质。按性质也可分为信号杂质和有害杂质。信号杂质（如氯化物）对人体一般无害，但可反映药物的生产工艺和质量管理的问题。