南豆腐与北豆腐的生产原理、工艺过程及许多操作方法及工艺条件基本相似，但也有不同之处，主要概括为5个方面。
（1）豆浆生产南豆腐的豆浆较生产北豆腐时的豆浆浓度稍大，一般1kg大豆原料生产的豆浆为6kg～7kg。而生产北豆腐时1kg原料大豆的豆浆量为9kg～10kg。过滤时南豆腐的豆浆应采用更致密一些的滤布以保证南豆腐的细腻的口感。
（2）凝固剂南豆腐的凝固剂为石膏，其用量为1kg豆浆添加1g～7g。而北豆腐的凝固剂通常使用卤水，其用量为1kg豆浆添加15g～20g。
（3）点脑点脑时，南豆腐与北豆腐的温度控制有一定的差异。石膏的凝胶速度稍慢，所以冲浆温度稍高，应将豆浆温度控制在75℃～85℃，而卤水的凝胶速度较快，因此，多采用边加凝固剂边搅拌的方法，豆浆温度也应控制在70℃～80℃。
（4）蹲脑因为南豆腐生产不需要加很大的压力脱水，所以，要求蹲脑时间要长，一般在30min以上。蹲脑时间短，会使豆腐结构脆弱，脱水快，保水力差，从而失去细嫩光亮特征，而变得粗硬；而蹲脑时间过长，会使凝固物温度降低，从而导致豆腐结合力差，不脱水，过嫩易碎，成型不稳定。这些都与南豆腐要求持水性高，不需排出很多水分有关。相反，北豆腐成型时要进行破脑后加压脱水，因此北豆腐的蹲脑时间可稍短一些，大约15min～20min。
（5）成型南豆腐成型时不需要破脑，也不能加太大的压力。南豆腐要求含水量高，不能排除过多的水分，成型时用的豆腐包布应该用细布。北豆腐宜采用孔隙稍大的包布，这样压制时排水较畅通，豆腐表面易成“皮”，在压制成型过程中应注意整形。南豆腐成品豆腐的含水率为90%左右，北豆腐为80％～85％。