（1）防潮：如室内潮湿，光学镜片容易生霉生雾，机械零件也极易生锈，故应将显微镜置于干燥房间。显微镜箱内应放干燥剂，常用硅胶作干燥剂，并应注意经常检查和更换。
（2）防尘：尘埃微粒可使镜头受损，故使用显微镜后，应罩好罩子。不要将目镜抽出，严防尘埃进入光学系统。
（3）防震：强烈震动可使光学元件移位或使机械零件变形受损，故应放置于平衡、不晃动的工作台上，移动时应轻拿轻放。
（4）防腐蚀：显微镜不能和具有腐蚀性的物品或化学试剂如硫酸、盐酸等放在一起。
（5）防热：因温度升高1℃，铁比玻璃多延伸约3倍，可引起镜片脱胶，故不能将显微镜放在靠近火炉、暖气管和窗口等处，亦应避免在阳光下直晒。冬季将显微镜从寒冷处移到常温房屋时，镜头玻璃及金属表面会产生水滴，以致引起发霉和生锈，应特别注意。