1）登记管理机关的监督管理
1、登记监督，即负责非政府组织的成立、变更、注销登记或者备案管理。包括登记前监督、登记中监督及登记后监督。其实质是行政机关对非政府组织所进行的行政许可监督。
2、执法检查，即对非政府组织业务活动与运营活动的监督检查，主要包括年度检查与专项执法检查。
3、是对非政府组织的违法问题进行监督检查，并对非政府组织的违法行为予以处罚。
2）业务主管单位的监督管理
在登记方面，业务主管单位主要履行非政府组织筹备申请、成立登记、变更登记、注销登记以及分支机构、代表机构设立申请的初审； 在年度检查方面，主要负责年度检查的初审；
在执法检查方面，业务主管单位负有监督、指导非政府组织遵守宪法、法律、法规和国家政策，依据组织章程开展活动的职责，同时，还承办协助登记管理机关和其他有关部门对非政府组织违法行为进行查处的职责
在办理注销登记前，业务主管单位还履行与其他有关机关共同指导非政府组织成立清算组织、完成清算工作的职责。
3）财税机关和审计机关的监督管理
一是，非政府组织必须执行国家规定的财务管理制度，接受财政部门的监督；对资产来源属于国家拨款或者社会捐赠、资助的，还应当接受审计机关的监督；
二是，非政府组织在换届或者更换法人代表人之前，登记管理机关、业务主管单位应当组织对其进行财务审计；
三是，对非政府组织日常财务管理和经营状况进行审查，对非政府组织的税收减免情况进行甄别和核实。