（1）在基础理论研究方面的应用
为揭开生命起源的奥秘提供了有利的证据。具多种催化功能的核酶的发现及人工筛选的成功，支持了在蛋白质产生以前核酶可能参与催化最初的新陈代谢的设想。
（2）在医学领域的应用
○1对抗病毒设计能够识别和切割病毒RNA或DNA的核酶。
○2基因治疗设计能够识别和切割某些致病基因的核酶。
（3）核酶在植物抗病毒方面的应用
已有的研究实例：人工构建锤头型核酶来抑制烟草花叶病毒。用具有相应特异性的核酶来抑制马铃薯卷叶病毒、水稻矮缩病毒、条纹叶枯病毒、番木瓜环斑病毒等的复制都有一定的效果。