（1）采用步骤数最少：产品收得率和质量控制是贯穿生物工业下游技术过程的主线。下游技术的步骤越多，提取收得率也越低。如整个下游过程包括6步操作，每步操作的分步收率为90%，则总收率仅为（0.9）6×100%=53.1%。
（2）采用步骤的次序要相对合理：在生物技术下游加工过程的四大步骤中，固液分离、精制和成品加工选用技术范围窄，次序不是问题。而初步纯化时，对于不同特性的产品，具有不同的纯化步骤，通常的顺序是：匀浆（或细胞破碎）、沉淀、离子交换、亲和吸附、凝胶过滤。
（3）产品规格
（4）生产规模
（5）进料组成
（6）产品的稳定性
（7）产品的物性：包括溶解度（受pH、盐的影响）、分子大小、功能团、稳定性（受pH值、温度等影响）、分子电荷（受pH影响，对离子交换的选择有影响）、危害性等
（8）分配或连续过程
（9）废水