淋巴结皮质位于被膜下方，由浅皮质、副皮质和皮质淋巴窦组成。浅皮质含淋巴小结及小结之间的薄层淋巴组织，主要由B细胞构成。未受到抗原刺激的淋巴小结，体积小，称初级淋巴小结。抗原刺激后小结增大，并产生生发中心，称为次级淋巴小结。生发中心由明区、暗区两部分组成。暗区位于生发中心的内侧，由新转化的大淋巴细胞组成，其胞质嗜碱性强，着色深。暗区的细胞分裂分化形成明区的中淋巴细胞，明区位于生发中心的外侧份，含有较多的网状细胞、巨噬细胞及滤泡树突细胞，故着色淡。明区的淋巴细胞继续增殖分化为小淋巴细胞。集中于生发中心的顶部及四周，形成小结帽。副皮质区位于皮质的深层，为弥散淋巴组织，主要为T淋巴细胞。皮质淋巴窦是皮质中的淋巴通道，包括被膜下窦和小梁周窦。窦壁的内皮细胞很薄，内皮外有薄层基质、少量网状纤维及一层扁平的网状细胞。窦腔内有星状内皮细胞支撑，还有一些巨噬细胞附着于内皮细胞表面。