根据微生物的最适生长温度的不同，可将微生物分为：
低温微生物、
中温微生物
高温微生物
（1）土壤中（在自然界，突然是微生物生活的最适宜环境）
（2）水中（一般的江河，湖泊和池塘内的营养较为丰富，海水和盐湖含有盐分较高，其他营养较缺乏，雨水竟是与蒸馏水，含有非常少的溶解营养）
（3）空气中（空气干燥，无营养，紫外线照射强烈，因此空气不是微生物生存的环境，微生物在空气中的数量取决于所处环境和飞扬尘埃量，种类主要是真菌和细菌）
（4）极端条件下的微生物