（1）争议的主体不同。
劳动行政争议的主体是劳动行政机关与公民、法人或其他组织；
劳动争议的主体，一方必须是提供劳动力的劳动者；
另一方是企业、事业单位、国家机关（以机关法人身份出现，而不是以行政主体的身份出现）、社会团体等用人单位（含个体经营者）；
人事争议的主体一方是具有干部身份的人；
另一方是国家机关、企事业单位或人民团体。
（2）争议的内容不同。
劳动行政争议是劳动行政机关因实施国家劳动行政管理活动与管理相对人发生的一种行政法律关系中的权利、义务纠纷。
人事争议的内容是人事管理过程中当事人权利、义务的纠纷。
（3）处理争议的依据不同。
处理劳动行政争议依据的程序法是《中华人民共和国行政诉讼法》和《行政争议条例》；
处理劳动争议依据的程序是《中华人民共和国民事诉讼法》和《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》。而处理人事争议依据的程序法是《人事争议处理暂行规定》。