酶的分离纯化工作主要是，将酶从杂蛋白中分离出来或者将杂蛋白从酶溶液中除去。现有的酶分离纯化方法都是依据酶和杂蛋白在性质上的差异而建立的。
1、根据分子大小而设计的方法，如离心分离法、筛膜分离法、凝胶过滤法等。
2、根据溶解度的大小分离的方法，如盐析法，有机溶剂沉淀法，共沉淀法，选择性沉淀法，等电点沉淀法。
3、按分子所带正负电荷的多少分离的方法，如离子交换分离法，电泳分离法，聚焦层析法等。
4、按稳定性差异建立的分离方法，如选择性热变性法，选择性酸碱变性法，选择性表面变性法等。
5、按亲和作用的差异建立的分离方法，如亲和层析法，亲和电泳法。
5.酶分子修饰的方法及意义
通过各种方法使酶分子的结构发生某些改变，从而改变酶的某些特性和功能的技术过程称为酶分子修饰。
酶分子的修饰方法分为化学法、生物法和物理法。化学法又可分为金属离子置换法、肽链有限水解法、蛋白质侧链基团的小分子修饰法等。生物法是通过基因工程的手段改变蛋白质，即基于核酸水平对蛋白质进行改造，利用基因操作技术对DNA或mRNA进行改造和修饰，以期获得化学结构更为合理的蛋白质。物理法的特点是不改变酶的组成和基团，酶分子的共价键不发生变化。